Die Abtei wurde 1003 vom Kölner Erzbischof Heribert gegründet und mit Benediktinermönchen besiedelt.Eine große romanische Abteikirche als Mittelpunkt der Anlage wurde 1020 von Heribert eingeweiht. Im 14. und 16. Jahrhundert wurde die Anlage zerstört und wieder aufgebaut. Der jetzige Bau der ehemaligen Klosterkirche stammt aus dem Jahr 1663. An Stelle des Zentralbaus trat eine Pfeilerbasilika mit zwei Chorflankentürmen. Die Ausstattung war im Stil des Barock. In der Zeit Napoleons wurde das Kloster säkularisiert. 1804 wurde die Klosterkirche zur Deutzer Pfarrkirche erhoben, da die bisherige Kirche beim großen Rheinhochwasser 1784 stark beschädigt wurde. Das Klostergebäude selbst wurde im Zweiten Weltkrieg stark beschädigt, so dass nur das Erdgeschoss und Teile des Gewölbekellers erhalten blieben. In den 1970er Jahren wurde das Gebäude wieder aufgebaut, wobei die Fassade dem historischen Erscheinungsbild entspricht und denkmalgeschützt ist. Im Gebäude befindet sich heute eine Senioreneinrichtung der Caritas.

Die alte Klosterkirche ist derzeit Gottesdienststätte der griechisch-orthodoxen Gemeinde Kölns.