Die 1908-11 errichtete Kirche lag ursprünglich in der Ferdinandstraße und wurde im 2. Weltkrieg zerstört. Zwischen 1953-54 wurde sie wieder aufgebaut. In den 60er Jahren wurde sie für den Bau der Zoobrücke und den Autobahnzubringer abgerissen. 1964/65 erstand nach Plänen von Fritz Schaller der heute noch stehende Kirchbau inmitten der Stegerwaldsiedlung an der Deutz-Mühlheimer Straße. 2002 wurde eine grundlegende Renovierung durchgeführt. Seit Januar 2006 ist St. Urban eine Filialkirche der Deutzer Kirchengemeinde St. Heribert.